Услуги фонда доступны во всех уголках республики: как в крупных городах, так и в небольших населенных пунктах.
По состоянию на 1 января 2023 года в региональную структуру фонда входят 18 филиалов: в городах республиканского значения (Астана, Алматы, Шымкент) и в 15-ти областных центрах. В городах, где расположены филиалы, действуют 26 отделений, в том числе 18 отделений непосредственно при самих филиалах.
В крупных районных центрах и городах действует 61 центр обслуживания (ЦО), а в районных центрах с невысокой плотностью населения и некоторых прочих населенных пунктах – 89 удаленных рабочих мест (УРМ), где обслуживание осуществляет один работник Фонда.
Всего в ЕНПФ 176 офисов обслуживания. Количество и распределение региональных подразделений устанавливается с учетом потребностей населения.
В связи с переименованием города Нур-Султан в город Астана переименован и Филиал АО «ЕНПФ» в городе Астана. Для обеспечения доступности услуг и вовлеченности населения в пенсионную систему в регионах также действует многофункциональный центр для выездного обслуживания «Мобильный офис» - микроавтобус, оснащенный всем необходимым для осуществления приема и обслуживания вкладчиков (получателей) в удаленных населенных пунктах.